La fédération nationale des Comores est fondée en 1979.

Elle est affiliée à la Fédération Internationale de Football Association (FIFA) depuis 2005 et est membre de la Confédération Africaine de Football (CAF) depuis 2000, ainsi que de l’Union des Associations de Football Arabe (UAFA), du Council of Southern Africa Football Associations (COSAFA) et de l’Union des Fédérations de Football de l’Océan Indien (UFFOI)